Dans le cadre de son programme franco-américain, la FASNY suit le programme scolaire établi par le ministère français de l'Éducation nationale, complété par ses programmes phares. Bien que les cours soient dispensés principalement en français, les élèves ont la possibilité de suivre en parallèle le programme BFI en anglais, avec des cours avancés de littérature anglaise, d'histoire-géographie et d'études mondiales. Le programme aboutit au baccalauréat français, avec un taux de réussite de la FASNY constamment à 100 % et des élèves obtenant leur diplôme avec mention à une moyenne de 90 %.