Während der Lehrplan für kritisches Denken sich mit den Kognitionswissenschaften und der Funktionsweise des Gehirns sowie mit der Kunst der Sprache und deren Einfluss auf Gedanken und Meinungen befasst, ist kritisches Denken bei FASNY in alle Fächer eingebunden.
Ob es darum geht, in der Vorschule Rätsel mit mehreren Lösungen zu lösen, in der 4. Klasse Akronyme zur Problemlösung zu nutzen, kritisches Denken in der Mittelstufe mit Lebenskompetenzen zu verknüpfen, in Philosophie Gedanken und Ideen zu entwickeln oder als élève im Fach „Theorie des Wissens“ die eigenen Vorurteile zu erkennen – die Schüler der FASNY sind täglich kritische Denker, vielleicht manchmal, ohne es überhaupt zu merken.